Desde la segunda mitad del siglo XVI hasta finales del siglo siguiente los habitantes -tanto indios como españoles- de las tierras bajas del Pacífico de las Gobernaciones de Popayán y Antioquia fueron sometidos a largos periodos de guerra. Primero, la presión ejercida por los cristianos desde un largo rosario de ciudades que se extendían desde Pasto hasta la ciudad de Antioquia, provocó que las naciones indias lucharan entre ellas por el control de las tierras, los hombres y el oro. Segundo, la incursión de los españoles desde la cordillera Occidental hacia las tierras bajas conllevó no sólo a la ampliación de la frontera hispana y mestiza, sino también a retrocesos que mantuvo en vilo las comunicaciones entre los centros urbanos y obligó al despoblamiento de algunas regiones importantes para la geopolítica imperial.